Множество следов времени служат напоминанием об ушедших эпохах. В новой экспозиции музея «Шуя. Печати истории» отмечены основные вехи развития территории, которые оставили явные материальные следы, отпечатки. Это и морские отложения юрского периода, следы реликтовых растений, археологические находки финно-угорских племен, таможенная печать XVII века, свидетельствующая о развитом торге шуян, манеры ручного набойного ситце - печатного производства XVIIIв. Печати в природе и жизни человека говорят нам сейчас о том, как шла историческая хронология.

Геологическая (естественная) история Ивановской области и конкретно Шуйского района насчитывает около 2 млрд. лет. Это новая часть исторической экспозиции, которая теперь затрагивает временные периоды края задолго до появления здесь человека.

В истории Шуи отразились многие важнейшие события российской истории. Вторая часть экспозиции отражает основные этапы развития провинции в контексте крупных событий русского общества.

В центральной части зала расположена фотовыставка «Шуя утраченная», где можно увидеть богатство храмов города, разрушенных в ХХ веке, уже не существующих, оставшихся только на фотопечатных снимках.